十六年后，妖星重现，更有神秘力量挑起六界纷争，眼看六界浩劫在即，少年英雄成为轩辕剑新任剑主，担负匡扶正道之任。然而轩辕剑失却往昔威力，少年为修复轩辕剑踏入凡尘，机缘巧合下打破轩辕城镇守上古封印的五彩神石，更发现五彩神石竟隐藏造化神力足以彻底摧毁妖星，还六界安宁。五彩石碎片散落凡尘，更临危受命，需逐一寻回五彩石碎片，并阻止神秘人企图用五彩石碎片扰乱世间的阴谋。