洪武初年，由大都督府的大都督节制中外诸军。1380年，改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，分领在京各卫所和在外各都司。都督府所管仅是兵籍和军政，不能直接统率军队。军官的选授权在兵部，而军队的调遣和最高指挥权则在皇帝。打仗时，兵部奉旨调兵，并秉承皇帝意旨，任命总兵将官，发给印信。战后，统兵官交还印信，士兵回归原来卫所。
定陵在军队编制方面，自京都至府县，皆立卫所。每卫5600人，置卫指挥使统领；每卫下辖五个千户所，每千户所有兵1120人，指挥官称千户；千户所下辖十个百户所，每百户所有兵120人，指挥官称百户；百户所下辖二总旗，每总旗下又辖五小旗，一小旗10名兵士。府县各卫归各省都指挥使司管辖，各都指挥使司又分别归统于中央的五军都督府。京都的卫军分两种，一是五军都督府分统的四十八卫军。明成祖时，定名“五军”，增到七十二卫，并添设三千营和神机营，与五军合称“京军三大营”。三大营是全国卫军的精锐。据估计，洪武后期全国兵额约180万以上，永乐时增至280万左右。
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